微波滅菌的原理主要基于介質(zhì)在高頻率電磁場中被加熱的原理。微波在幾千兆赫的高頻電磁場中，以周期每秒幾十億次次的頻率擺動(dòng)。電場正負(fù)頻繁交替變化，極性介質(zhì)也隨電場磁性變化而復(fù)更，相互摩擦產(chǎn)生高熱（當(dāng)微波通過某中介質(zhì)時(shí)，藥核介質(zhì)能吸收微波能量，那此微波能量就能在介質(zhì)中轉(zhuǎn)換為熱能）蛋白質(zhì)、核糖核酸和酶失活而達(dá)到滅菌的效果。

  水是微波的強(qiáng)吸收介質(zhì)，微波可讓微生物中的水分子形成電偶極性并隨電場改變而高速轉(zhuǎn)動(dòng)，導(dǎo)致細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)破裂，細(xì)胞分子間氫健松弛破壞。溫度的升高，使細(xì)胞中的蛋白質(zhì)凝固而造成微生物的死亡，因而達(dá)到滅菌的目的。由于微波可穿透物質(zhì)較深，一般為2～4厘米，能量隨深度增加而減少，水可強(qiáng)烈地吸收微波，多儀微波可以做藥物和水性注射液的滅菌。